Stable Isotope Probing of Hydrocarbon-Degraders
Microbes govern a plethora of biogeochemical reactions in natural systems. Especially, they are crucial for the degradation of hydrocarbons and contaminants under both aerobic and anaerobic conditions. Only in the last 1–2 decades, researchers have begun
- PDF / 230,376 Bytes
- 16 Pages / 439.37 x 666.142 pts Page_size
- 30 Downloads / 176 Views
ntroduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4012 Methodological Considerations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4013 Strategies to Substantiate True Label Incorporation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4014
2 2.1 2.2 2.3 2.4 2.4.1 2.4.2 2.5 2.5.1 2.6 2.6.1 2.6.2 2.7 2.7.1 2.7.2 2.8 2.9 2.10 2.10.1 2.10.2 2.11 2.12
Experimental Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Special Considerations for SIP of Hydrocarbon Degraders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Nucleic Acid Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Nucleic Acid Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Centrifugation of DNA-SIP Gradients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Steps in the Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Centrifugation of rRNA-SIP Gradients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Steps in the Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gradient Fractionation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Steps in the Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Nucleic Acid Precipitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Steps in the Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Quantitative Evaluation of Gradient Fractions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Qualitative Evaluation of Gradient Fractions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Solutions and Materials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Data Loading...
