Whole Genome Expression Analysis for Biologic Rational Pathway Modeling
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CANCER
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Whole Genome Expression Analysis for Biologic Rational Pathway Modeling Application in Cancer Prognosis and Therapy Prediction 5 M.W. Helms,6 E. Korsching,5 ¨ D. Kemming,1 U. Vogt,2 N. Tidow,3 C.M. Schlotter,4 H. Burger, 7 7 8 8 ¨ 9 and B. Brandt1 A. Granetzny, A. Boseila, L. Hillejan, A. Marra, Y. Erg¨onenc,9 H. Adiguzel
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Institute for Tumor Biology, Hamburg, Germany European Laboratory Association, Ibbenbueren, Germany Arrows Biomedical GmbH, Muenster, Germany Klinikum Ibbenbueren, Frauenklinik, Ibbenbueren, Germany ¨ Pathologie, Muenster, Germany Gerhard-Domagk-Institut fur Department of Pediatrics, Bio-X Program, Stanford University School of Medicine, Stanford, California, USA ¨ Thoraxchirurgie, Duisburg-Nord, Germany Klinik fur ¨ Thoraxchirurgie, Ostercappeln, Germany Klinik fur Department for Senology, St Anna Hospital, Herne, Germany
Contents Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271 1. Principles and Applications of Microarray Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272 1.1 Array Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272 1.2 Factors Influencing Experimental Design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272 2. Semi-Quantitative Chemiluminescence Microarray Technique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273 3. A Biologically Rational Approach for Pathway Modeling in Cancer Prognosis and Therapy Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274 3.1 Deepest Hit Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276 3.2 Dominant Switch Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277 3.3 Directed Selective Hit Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278 3.3.1 Induction of Therapeutic Resistance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278 3.3.2 Prediction of Systemic Preoperative Chemotherapy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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