Molecular Diagnostics in Tuberculosis
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REVIEW ARTICLE
ª 2009 Adis Data Information BV. All rights reserved.
Molecular Diagnostics in Tuberculosis Basis and Implications for Therapy Seetha V. Balasingham, Tonje Davidsen, Irena Szpinda, Stephan A. Frye and Tone Tønjum Centre for Molecular Biology and Neuroscience, Institute of Microbiology, University of Oslo, Norway, and Centre for Molecular Biology and Neuroscience, Institute of Microbiology, Oslo University Hospital (Rikshospitalet), Oslo, Norway
Contents Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137 1. Detection of Mycobacteria in Clinical Specimens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 1.1 Recent Advances in the Cultivation of Mycobacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 1.2 Direct Detection of Mycobacterium tuberculosis Nucleic Acids in Clinical Specimens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 1.3 Integration of Molecular Diagnostics with Clinical Practice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 1.4 Tuberculosis Diagnostics in Children . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 1.5 Emergence of Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM): New Species are Discovered . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 1.5.1 Identification of NTM Species . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 1.5.2 The Burden of Unidentified Mycobacteria in Clinical Laboratories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 1.5.3 Follow-Up of Positive NTM Cultures: When and How? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2. M. tuberculosis Drug Susceptibility Testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.1 Drug Susceptibility Testing by Culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.2 Direct Detection of Drug Resistance Markers for M. tuberculosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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3. Molecular Epidemiological Markers: M. tuberculosis Strain Characterization. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145 4. Genome Instability in M. tubercu
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