Assessing under-Estimation of Genetic Diversity within Wild Potato ( Solanum ) Species Populations
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Assessing under-Estimation of Genetic Diversity within Wild Potato (Solanum) Species Populations John Bamberg 1
&
Alfonso del Rio 1
Accepted: 7 September 2020 # The Potato Association of America 2020
Abstract Genebanks seek to understand the partitioning of genetic diversity among species, populations, and individuals in their collections since this informs decisions for adopting the most effective sampling strategy. Recent reports have suggested that diploid wild species have much less heterogeneity within populations than cultivated forms. We here review past empirical phenotypic trait variation data and examine previous and new DNA marker datasets. We also examine simulation datasets and calculations designed to mimic the effects of artificial biases against wild species heterozygosity due to ascertainment, ploidy, and allele frequencies. Trait data suggests large practical variation exists within populations. Similarly, DNA markers on multiple individuals within diploid wild potato species populations show that substantial heterogeneity in a species is partitioned within populations. Simulations illustrate that biases due to ascertainment, ploidy, and allele frequencies account for much of the apparent homogeneity of wild diploid potato species. Resumen Bancos de germoplasma buscan entender la organización de la diversidad genéticadentro de especies, poblaciones e individuos en sus colecciones, ya que esto podriainformar que decisiones adoptar para un muestreo más efectivo. Reportes recienteshan sugerido que las especies silvestres diploides tienen menos heterogeneidaddentro de poblaciones que las formas cultivadas. Aquí revisamos previos datosempiricos de variación en caracteres fenotípicos y examinamos grupos de datosprevios y nuevos de marcadores de ADN. También examinamos grupos de datosde simulación y cálculos diseñados para imitar los efectos de sesgos artificiales conimpacto en heterozigosidad de las especies silvestres debido determinación, ploidíay frecuencia de alelos. Datos de caracteres sugieren que existe variación prácticagrande dentro de las poblaciones. Similarmente, los marcadores de ADN enmúltiples individuos dentro de poblaciones de especies diploides de papasilvestre muestran que niveles sustanciales de heterogeneidad en especies seencuentran distribuidos dentro de poblaciones. Las simulaciones ilustran que lossesgos debidos a determinación, ploidía y frecuencia de alelos explican en granmedida la aparente homogeneidad de las especies silvestres diploides de papa. Keywords Diversity . Solanum . Germplasm
Abbreviations USPG US Potato Genebank
Electronic supplementary material The online version of this article (https://doi.org/10.1007/s12230-020-09802-3) contains supplementary material, which is available to authorized users. * John Bamberg [email protected] 1
USDA/Agricultural Research Service, US Potato Genebank, 4312 Hwy 42, Sturgeon Bay, WI 54235, USA
Introduction Importance of Assessing Diversity Potato is a clonal crop, but has about 100 wild species relatives. Maintaini
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